本发明提供了一种基于多层注意力机制的小样本医疗关系分类方法，涉及关系分类技术领域。该方法包括：基于神经网络构建关系分类模型，包括词嵌入层、两个位置嵌入层、编码层和全连接层，其输入为支持集和查询集中的句子，输出为查询集中的句子所属的关系类别；获取公开关系抽取数据集，设置训练次数，利用所述关系抽取数据集的训练集训练所述关系分类模型，每次训练所述关系分类模型时所需要的支持集和查询集从所述训练集中随机抽取；对于包含任意N个关系的支持集和其包含的句子属于该N个关系的查询集，利用训练好的关系分类模型预测查询集中的句子属于支持集中的关系类别。从不同方面降低了噪声对模型准确率的影响，更准确地挖掘实体之间的关系。