本发明提供面向水生群落系统稳定性的水库优化调度决策方法和装置，方法包括：步骤1.确定研究情景，收集水库群系统基本资料、历史调度数据及下游站点水文数据和生物量数据，确定水库调度行为的影响因子与决策变量；步骤2.考虑多种群间相互作用，构建随机多种群动态模型；步骤3.计算水文变异度，通过噪声强度来描述水文变异对水生群落的扰动，建立“流‑生态”关系，对水文变异影响下的水生群落系统稳定性进行分析；步骤4.采用稳态时间ST和稳态时刻的变异系数CVST两个生态指标分别来辨识多种群系统的回弹性和抵抗力；步骤5.综合考虑水库供水、发电目标以及ST、CVST生态目标，对水库运行曲线进行优化，得到水库优化调度决策。