本发明涉及一种主动抑制交流短路电流的柔直控制方法、系统及存储介质，其包括：检测交流系统电压跌落程度，根据检测结果将柔性直流输电系统控制模式由常规控制模式切换为短路电流主动抑制模式；在短路电流主动抑制模式中，确定故障期间运行模式是有功电流优先控制还是无功电流优先控制，并分别确定流入换流器的剩余通流能力和最大通流能力，确定柔直换流器电流内环的dq轴电流指令值；根据所选电流运行模式修改柔直换流器电流内环参数，判断交流系统电压是否恢复，由判断结果确定柔性直流输电系统控制模式。本发明通过主动抑制的方式起到降低系统短路电流的目标，可为实际电网的调度运行提供参考；能在电力系统输配电技术领域中广泛应用。