本发明公开了一种工厂化养殖用空气循环处理系统及方法，包括养殖室、空气净化系统和过滤装置，养殖室的左右两侧设置有风墙，风墙内设置有FFU风机过滤机组和导风机构，FFU风机过滤机组通过分流管连接进风管，进风管通过回流管连接空气净化系统，养殖室的顶部设有带第一风机的排风管，排风管通过废气排出管连接过滤装置，废气排出管通过循环管连接空气净化系统。本发明不仅可以改变新风、送风、排风的比例完成不同工况的气流质量要求，以达到模拟相应的生态环境，而且可以对废气一部分进行净化和灭菌处理，有效解决连续形养殖交叉感染的问题，实现气体的循环使用，另一部分废气经过滤装置过滤后直接排入外界环境中，减少了对环境的污染。