本发明公开了一种从牡丹花中提取总黄酮的制备方法，包括以下步骤：S1、取干燥的牡丹花，去除杂质，粉碎，得牡丹花粉末为A品；S2、将A品和1,3‑丙二醇混合均匀，得B品；S3、将B品经超临界CO2萃取，CO2的流量为8‑12L/h，萃取压力为25‑35MPa，萃取温度为30‑32℃，萃取时间为8‑12min；然后提高CO2的流量至20‑30L/h，萃取压力以每分钟0.3‑0.6MPa的速度，增加至45‑55MPa，保持萃取温度为30‑32℃，萃取时间为45‑55min，得C品；S4、将C品分离，得成品。本发明具有提高总黄酮提取收率，保证总黄酮有效成分的活性，提取条件要求低、易操作的特点。