本发明涉及一种调峰运行系统及方法，系统包括：第一发电子系统、第二发电子系统和分流子系统；所述分流子系统包括第一连通管路、第二连通管路、设置在第一连通管路上的第五阀门和设置在所述第二连通管路上的第六阀门，在调峰模式下，所述第一锅炉和所述第二锅炉中的任意一个锅炉灭火，灭火锅炉的所述第一管路和所述第二管路上的阀门为关闭状态，其余各个阀门为打开状态。本发明通过对多个阀门的开启和关闭，就可以实现在正常供电和调峰模式之间转换，该系统在供热期及非供热期的电网调峰情况下均可以使用，实现机组20％的深度调峰能力，可降低改造费用，减少能源损失。