本发明提供一种稀疏区域的样本点加密方法及系统，包括：确定目标稀疏样本点及其加密采样区域；对加密采样区域空间离散化，并确定待选样本点子集合；将每个待选样本点子集合中的待选样本点与原样本点构成一个样本点空间布局，并从中选择最优样本点空间布局，以将最优样本点空间布局中的待选样本点作为加密样本点，对稀疏区域进行样本点加密处理。迭代执行上述加密处理步骤，直至不存在稀疏样本点。本发明通过迭代的方式，依次确定当前样本点空间布局中的目标稀疏样本点，并确定其加密采样区域相关的加密样本点，能够确保每次迭代加密样本点的全局最优性，有效地提高样本点数据的代表性和无偏性，保证了样本点数据分析评价的准确性和可靠性。