本发明涉及一种对两高项目全过程环境管理的智能系统，该系统包括环境管理部门在任意有网络连接地点设置的服务器、在线自动监测装置和客户端。客户端通过Web网址在线访问服务器，该服务器内包括污染物排放数据存储‑传输模块、信息管理模块、碳排放监控模块、排污许可管理模块、监督执法管理台账模块；在线自动监测装置与污染物排放数据存储‑传输模块相连，该污染物排放数据存储‑传输模块分别与碳排放监控模块、排污许可管理模块相连；碳排放监控模块、排污许可管理模块分别与监督执法管理台账模块相连；信息管理模块、排污许可管理模块分别与客户端相连。本发明还公开了对两高项目全过程环境管理的方法。本发明可有效提高监管效率和监管质量。