本发明公开一种自动基质固相分散萃取装置，自动完成研磨、压实和洗脱工作。在三维研磨单元中，带研磨腔的研磨器一侧设有丝杆，另一侧设有转轴，丝杆和转轴均与研磨器连接，转轴和丝杆均与机架连接且能沿其轴向移动，第一驱动装置能驱使丝杆旋转；在装柱单元中，固相萃取管和收集瓶均设在移动座，收集瓶位于固相萃取管下方，移动座能直线移动；在卸料单元中，支撑板一端设置带过滤网和阀门的漏斗，另一端能沿竖直轴线旋转，驱使漏斗转动至研磨器下方或固相萃取管上方；在压实单元中，第四驱动装置能驱使下压堵头下降至固相萃取管内；在洗脱单元中，输液管一端与密封堵头连接，另一端与泵连接，第五驱动装置能驱使密封堵头下降并堵住固相萃取管。