本发明公开了一种水溶性高分子消杀剂及其制备方法，属于食品安全技术领域。阳离子葡聚糖、2,6‑二氨基己酸和环氧氯丙烷在碱性条件下进行交联聚合反应，旋转蒸发干燥后得到A剂，将A剂溶解于水中，得到有效成分A剂溶液；用水溶解氯化镁，得到氯化镁溶液，将氯化镁溶液和无水乙醇混合，得到低温抗凝B剂溶液；将有效成分A剂溶液与低温抗凝B剂溶液混合，得到所述的水溶性高分子消杀剂。该消杀剂，适用于在‑20℃~40℃的环境中以喷洒的方式使用，具有高效、低温条件下不结冰的优势，可用于冷链、冷库、食品外包装细菌的消杀。