本发明公开一种电力电子变压器模组的运行试验电路及其启动方法，所述电力电子变压器模组为两端口变换器，且每个模组至少包含两个级联连接的变换模块，记为第一变换模块和第二变换模块；两个变换模块级联连接的端口为直流端口；所述运行试验电路，包含至少两个上述结构的电力电子变压器模组，将两个模组中级联连接的直流端口引出，并联连接外部直流供电电源；将两个模组的第一变换模块非级联连接端口引出并联，将两个模组的第二变换模块非级联连接端口引出并联，分别构成两个功率对推环路，完成功率运行试验。相比现有技术，本发明的方案可以对电力电子变压器模组，特别是有多级连接的模组，进行解耦运行，同时提高系统运行效率。