本发明提供一种生成智能变电站站控层应用系统模型的方法和系统，其通过对智能变电站全部IED建立第一SCD模型文件，基于第一SCD模型文件，按照模型信息提取规则生成站控层应用系统对应的第一模型应用文件，并在第一版本SCD模型文件进行修改和/或升级生成第二版本SCD模型文件后，生成第二模型应用文件，以及将第一模型应用文件和第二模型应用文件进行比对，确定站控层应用系统是否需要进行模型应用文件的更新。所述方法和系统保证了全站SCD模型文件唯一的原则，同时解决了SCD模型文件任意改动都需要所有站控层应用系统进行模型更新或人工判断是否需要更新的现状，最大限度的减小了站控层应用系统所使用模型文件的大小，提高变电站运行安全水平，提升运维效率。