本发明公开一种电力电子变压器及其启动控制方法，电力电子变压器包括电网侧变换器和隔离型直流变换器，电网侧变换器的交流输入端连接交流侧启动电路，直流输出端连接隔离型直流变换器的直流输入端；隔离型直流变换器的直流输出端连接直流侧启动电路；交流侧启动电路包括输入端和输出端，输入端连接交流电网，输出端连接电力电子变压器的交流输入端；直流侧启动电路包括输入端和输出端，输入端连接电力电子变压器的直流输出端，输出端连接直流电网或负载。本发明通过对电力电子变压器的启动电路和自身设备进行顺序控制，降低了成套设备的成本和占地，解决了电力电子变压器灵活启动控制问题，具有工程实用价值。