一种多主体微电网群联合储能系统容量配置与成本分摊方法，包括以下步骤：以微电网群为整体，建立储能容量优化配置模型求解储能的最优配置容量、微电网群年综合运营成本、四季典型日中考虑储能参与运行后的微电网群总净功率曲线；以各微电网独立运营为对象，建模求解各微电网独立建设储能运营的年综合运营成本，由此计算微电网群联合建设储能系统获取的额外收益；从能量贡献度、净功率波形相似度两个维度分别评估各微电网对于额外收益的贡献程度，由此得到各微电网的成本分摊因子，从而计算各微电网联合运营后需要承担的年运营成本。本设计不仅能有效量化多主体微电网对于联合储能系统的容量需求程度，而且储能系统成本合理分摊。