本发明公开了一种用于中低原子序数物质的μ子成像方法，包括如下步骤：S1、获取所有重建μ子径迹与若干个给定数学平面的交点的坐标；S2、将各交点的坐标取整后赋予给对应的体素；S3、统计每个体素的交点数量；S4、筛选出交点数量大于预设阈值的体素；S5、将筛选后的体素成像，得到待成像物体的图像。由于采用了上述技术方案，与现有技术相比，本发明通过计算重建μ子径迹与给定数学平面的交点坐标，再根据交点的密集程度将待成像物体断层成像。本发明提供的方法对μ子径迹探测器的灵敏面积要求不高，且没有采用迭代的思想，可以通过设定阈值排除掉偶然符合产生的错误信息，从而更好地实现对厘米级物体的成像。