本发明公开了盐碱地苜蓿专用复合微生物菌肥及其制备方法，包括如下质量份数的原料：耐盐碱解磷解钾根瘤菌类复合菌剂、农作物秸秆及废弃枝条、糠醛渣、脱硫石膏、过磷酸钙、黄腐酸。农作物秸秆、废弃枝条以及糠醛渣粉碎烘干后，加入发酵腐熟菌剂并调节水分为60％左右，加入脱硫石膏，好氧固态发酵完成后，添加黄腐酸、过磷酸钙和复合菌剂，即得盐碱地苜蓿专用复合微生物菌肥。该复合菌肥在改良盐碱地生态环境的同时提高苜蓿产量，实现农业废弃物资源合理化利用。