本公开提供一种基于YARN和Kubernetes的容器化双层调度方法及系统，其中，方法包括：接收调度指令，对调度指令进行类别确定；确定调度指令为应用程序的调度指令，且应用程序的调度指令没有对应匹配的休眠容器，则利用YARN调度器为应用程序的调度指令分配对应的目标容器，利用目标容器执行应用程序的调度指令；确定调度指令为容器集群Pod的调度指令，且容器集群Pod此前未被调度过，则利用Kubernetes调度器为容器集群Pod的调度指令分配对应的目标节点Node，利用目标节点Node执行容器集群Pod的调度指令。这样，能够同时利用YARN和Kubernetes的优势，实现任务级别的应用程序的调度指令和节点级别的容器集群Pod的调度指令，进行并行统一调度，提高容器资源利用率，还能提高调度效率。