本发明公开了一种综合能源系统多能负荷预测方法及系统，包括：基于综合能源系统，获取多种能源负荷历史时序数据和天气历史时序数据；基于所述能源负荷历史时序数据和天气历史时序数据为每种能源分别构建负荷特征图；将其中一种负荷的特征图作为源域数据集，剩余负荷的特征图按能源类型构建多个目标域数据集；利用所述源域数据集和多个目标域数据集，采用交叉验证的方法进行训练确定各种能源负荷的时序预测值。本发明所提技术方案能够有效提高综合能源多能负荷预测精度，为综合能源系统的规划和控制提供高精度的多能负荷预测值。