本发明公开了一种变电站加密通信下的故障定位方法。本发明采用的技术方案为：通信发起方和通信接收方采用认证加密技术建立加密通道后，在传输固定长度的数据后或定期更换通信用加密密钥；同时，在应用层实时监视通信过程中的异常信息；当发生任何通信异常时，准确描述异常信息并编码成异常通知报文，并立即以明文方式发送可被网络报文收集设备捕获的异常通知报文；当通信发送方、通信接收方的任何一方监视到特定异常等级的通信异常时，自动触发对异常信息的日志记录。本发明提升了变电站内认证、加密通信环境下的通信异常情况下的故障定位能力，降低了对变电站内通信进行运维管理的难度。