本发明涉及一种核磁共振兼容的医用设备通讯系统，包括下位机和二级设备，所述的二级设备的数量为一个或多个，所述的下位机连接有FPGA，每个二级设备通过两根塑料光纤与FPGA连接，每根塑料光纤两端通过光电转换器分别与FPGA和二级设备连接，所述的FPGA中设有通讯控制器，所述的通讯控制器的数量与二级设备的数量相同，所述的通讯控制器通过串口通讯协议和二级设备进行一一对应的通讯。与现有技术相比，本发明具有抗干扰能力强、通讯速率高和可靠性强等优点。