本申请公开了一种自动菌落挑选仪及挑选方法，其包括工作台，工作台上转动连接有呈圆盘状设置的转动盘和用于驱动转动盘绕自身周向转动的动力件，转动盘上沿其周向间隔均布有若干挑针，工作台上沿转动盘的运动方向依次设置有挑取工位、接种工位和清理工位，清理工位包括用于清洗挑针的清洗机构、用于加热挑针的加热机构和用于冷却挑针的冷却机构，工作台上设置有分别与挑取工位和接种工位相对应的挑取工位驱动件和接种工位驱动件，转动盘上还固设有与挑针一一对应挑针自动复位机构。本申请具有最大限度的延长清理工位对挑针的清理路径，进而最大限度的延长了挑针的清理时间的效果。