本发明公开了一种柔性抗侵蚀柱状渠道防护设施及其施工方法，属于土工工程与水利工程技术领域，该柔性抗侵蚀柱状渠道防护设施，防护结构的顶部与底部分别设置上固定部和下固定部，上固定部包括顶部固定槽，顶部固定槽内从上至下依次设置有回填胶结土层和回填石层一，下固定部包括底部固定槽，底部固定槽内从上至下依次设置有抗冲刷固定层和回填石层二，防护结构的表面通过U型钉固定有复合型材料防护层。本发明中柔性抗侵蚀柱状渠道防护设施的内部填充材料选用农作物废弃物，实现了防护设施与生态环境保护的有机融合，具有很好的保温性能，可有效解决现有技术中缺乏有效防止输水渠道冻胀破坏、侵蚀破坏的问题。