本发明公开了一种柔性抗冻胀隔仓式渠道防护设施及其施工方法，属于渠道工程技术领域，该渠道防护设施包括渠道防护设施外部和渠道防护设施内部，渠道防护设施外部为箱式结构，箱式结构的外形为正六面体，箱式结构的迎水流一侧设置有抗冲刷层，其余五个侧面设置有PET布层，渠道防护设施内部设置有若干个均匀的隔仓，相邻隔仓之间设置有隔仓缝合层，隔仓与渠道防护设施外部之间设置有边界连接层，隔仓上部设置有顶层。本发明中渠道防护设施具有柔性和隔仓式的特点，可有效解决高寒地区渠道内水文、混凝土因温度变化易引起渠道土体发生冻胀或渠道边坡衬砌结构发生错位、开裂等破坏问题，以及刚性渠道防护设施适用变形能力弱、透水性弱等缺点。