本发明涉及卫星调制解调器同步接口数据处理系统及数据处理方法，系统包括直接数字频率合成器模块（DDS模块）、时钟控制模块、先进先出数据缓存模块（FIFO缓存模块）。本发明通过时钟控制模块控制V.35同步接口的工作时钟频率，使FIFO缓存模块中的数据数在一定区间内稳定，不会溢出，也不会读空，从而保证同步接口数据的稳定传输；在DTE工作模式下，时钟控制模块和DDS模块不工作，提升调制解调器的业务速率，使其大于DTE设备产生的V.35同步接口工作时钟，通过补空包的形式，弥补业务速率和时钟频率之差，并在解调端相应的滤除空包，保证同步接口传输的都是正常数据。