本发明揭示了一种菌种增殖激活投加船，在船体的船舱内部分别设置有进水处理机构、筛分机构以及菌种活化机构；进水处理机构设置于船体的首部、与船首的引流口相连通，进水处理机构由相连接的水流预处理装置及超滤装置构成；筛分机构与进水处理机构相连接，包括菌种贮存仓、菌种筛分箱以及折叠筛斗；菌种活化机构与筛分机构相连接，包括菌种活化仓，菌种活化仓的出液口通过菌种投加管道连接至船尾的排液口。本发明适用于动态、静态河流及大面积水域，集将菌种与载体分离、菌种激活、菌种投加等多种功能于一体，投加效率更高，提升了菌种的成活率，实现了活化后菌种的均匀投加，增强了水体与菌种的混合效果。