本发明提供了一种阻燃型双组份MS密封胶及其制备方法和应用。其中，以重量份计，该密封胶由A组份和B组份构成；A组份由10～50份的硅烷改性聚醚树脂、20～70份的补强填料、5～60份的增塑剂，5～15份的改性阻燃剂、0.8～15份的助剂混合而成；B组份由0～50份的橡胶胶乳、5～50份的乳化沥青、5～30份的钛白粉浆料和0～5份的分散剂混合而成；A组份和B组份按照(2～10):1比例混合。本发明提供的阻燃型双组份MS密封胶，具有多重的阻燃效果，与潮湿基面的粘接能力强，无增塑剂析出，有较好的贮存稳定性、防光老化性能、耐候性能等，可以作为建筑材料中胶粘密封技术领域的密封胶使用。