本发明公开了FoSyn1基因在调控内生真菌或水稻共生体系耐镉性中的用途，属于基因工程技术领域。所述FoSyn1基因的核苷酸序列如SEQ IDNO.1所示。本发明首次公开水稻内生真菌中调控对镉胁迫耐受性的基因FoSyn1，通过对FoSyn1基因的的克隆和分析，并利用同源重组的技术对该基因进行功能验证，发现敲除FoSyn1基因导致菌株自身以及与之共生的水稻对于镉胁迫的耐受性显著降低，该研究结果在可持续农业中具有巨大的应用潜力，为提高水稻耐受性和保证粮食安全提供了研究思路。