本发明公开一种波形不确定度评定方法，解决现有方法运算量大、难以工程实现的问题。所述一种波形不确定度评定方法，包含以下步骤：对每次校准得到的频域校准结果计算频域协方差矩阵；将所述频域协方差矩阵分块重新排列，得到分块矩阵，分块原则是所述频域校准结果的实部协方差矩阵为一块、虚部协方差矩阵为一块、实部在前虚部在后的协方差矩阵为一块、虚部在前实部在后的协方差矩阵为一块，所述分块矩阵为实对称正定矩阵；对所述分块矩阵进行降维处理，得到频域协方差降维矩阵。本发明可实现波形不确定度的快速评定。