本发明公开了一种低压台区电能表运行误差计算方法及系统。本发明采用的技术方案为：数据获取及预处理：对获取的数据进行数据格式与完整性检查，对于异常数据进行数据清洗，最终得到清洗过的高质量数据；构建方程组；求解方程组，获得台区总表到计量点j与计量点k的线路公共部分的等效电阻αjk；根据等效电阻αjk绘制台区的电力拓扑图，推断电力拓扑；根据推断的电力拓扑及等效电阻的计算结果反代回方程，重新计算电能表运行误差εj。本发明只需利用高频采集的高分辨率电量、电压、功率因数等数据，就可以推测出台区的电力拓扑，可靠性高；再利用拓扑识别结果进行误差分析，可以进一步提升电能表运行误差的分析结果的精度。