本发明提出了一种基于多目标优化的综合能源运行仿真方法，其包括：步骤S10，根据综合能源系统区域内的资源类型及负荷特性，建立综合能源系统优化的多目标协同优化模型，包括建立目标函数模型以及建立约束条件；步骤S11，采用双目标运行优化算法，对所述多目标协同优化模型进行仿真处理，获得优化得出设备的调度方案；步骤S12，在检测到用户冷、热负荷或气负荷出现异常时，按预定的策略调整当前的设备调度方案。实施本发明，可以在保障电网稳定运行的基础上，实现经济最优和碳排放最低的设备调度方案。