本发明提出了一种适合全程机械化制种的恢复系及其培育方法，属于水稻技术领域，包括：(1)筛选具有隐性籽粒淀粉不充实特性的水稻种质资源；(2)以具有隐性籽粒淀粉不充实特性的水稻种质资源为供体，以杂交稻骨干恢复系为受体，回交改良，培育具有隐性籽粒淀粉不充实特性的恢复系；(3)选择与育成的具有隐性籽粒淀粉不充实特性的恢复系生育期相近的不育系进行测配，筛选出强优势的恢复系；(4)将筛选出的强优势恢复系和不育系进行全程机械化制种；(5)通过风选技术对种子进行分选，去除隐性籽粒淀粉不充实特性的恢复系，获得高纯度的F1杂交水稻种子。本发明实现杂交水稻种子生产全程机械化，减少制种的人力和物力投入，降低成本。