本发明公开了一种海岛微网的源荷储容量优化配置方法及系统，包括：确定以海岛微网等年值综合成本最小的外层容量优化目标函数和外层约束条件；确定以运行成本和浪费惩罚费用最小的内层运行优化目标函数和内层约束条件；按照预设的源荷储运行协调控制策略进行优化控制，确定每种配置方案对应的储能预设下限值和未来时间段值；根据储能预设下限值、未来时间段值和外层约束条件，确定每种配置方案对应的失电率、可再生能源削减率和装机容量比例；根据失电率、可再生能源削减率、装机容量比例和外层容量优化目标函数确定每种配置方案对应的海岛微网等年值综合成本，并根据最小的海岛微网等年值综合成本对应的配置方案对海岛微网的源荷储容量进行配置。