本发明公开了一种燃料电池铂基合金催化剂的制备方法，包括以下步骤：(1)将至少含有钴盐的金属盐溶解后，加入氨水或含有氨基基团的小分子和碱，形成溶胶；(2)将所述溶胶进行微波加热；(3)将加热后的溶胶与含铂催化剂混合后干燥，并进行退火处理，经酸洗、干燥后得到所述铂合金催化剂。本发明方法具有制备快速、简易、方便的特点，便于批量化及大规模生产。同时，本发明制备得到的铂钴合金催化剂粒径均匀，催化性能高，适用于燃料电池中的氧还原反应催化剂。