本发明公开了一种配电网5G差动保护采样数据插值同步方法及系统，本发明首先配电终端通过读取GPS模块的时钟信号，进而完成装置对时；然后各配电终端采集环网柜内各间隔的采样数据，并标记相应时刻的采样序号，结合PPS秒脉冲，运用插值算法实现本侧与对侧采样数据的同步；最后将同步后的本侧与对侧SV采样数据，再次运用插值算法，计算出同一绝对时刻的同步采样数据，用于差动保护逻辑运算。本发明解决了由于5G通信的通道延时的不确定性，双向延时不相等，无法使用基于数据通道的同步方法实现采样数据同步的问题。