本发明提供一种确定并联电抗器气隙结构的方法和系统。所述方法和系统根据并联电抗器的电抗值要求，基于并联电抗器的特征参数值计算所述并联电抗器的整体气隙长度值；根据所述整体气隙长度值H和单个气隙长度的初始值δ确定所述并联电抗器的气隙个数k；在确定整体气隙长度值H和气隙个数k的基础上，建立并联电抗器铁芯的三维计算模型，计算所述并联电抗器的所有铁芯饼的平均麦克斯韦力，通过比较不同气隙结构时的平均麦克斯韦力确定并联电抗器铁芯的最优气隙尺寸。所述方法和系统通过对气隙大小进行优化设计，在满足电抗值的情况下来尽量的降低其铁芯之间的麦克斯韦力，从而达到了从根源上降低电抗器铁芯的振动噪声。