本发明提供一种矿井底板承压含水层注浆截留封堵效果评价方法及系统，利用岩体裂隙或节理向矿井巷内各含水层注入经各种不同同位素标记的水，最终通过涌水口涌水中不同同位素比例情况，对承压含水层堵水效果进行客观评价；还能通过持续监控涌水中各同位素比例变化，探明其他未查明的潜在突水水源，便捷有效地为客观综合评价止水效果提供依据，实现了对高压危险突水注浆处理效果的快速反应评价，从而进一步指导对涌水处水源的准确截流；客观有效地评价矿井突水治理后的实际止水效果，为矿井快速处理底板突水事故提供技术指导，便捷高效且精准地评价矿井巷内涌水口突水处理后截流封堵效果。