本发明涉及一种云端卡片加密方法及系统，属于智能卡密钥管理技术领域，终端通过读卡设备读取卡片信息，向服务器发起卡片交易加密请求，所述卡片交易加密请求包括卡片身份信息；服务器接收所述卡片交易加密请求，生成密钥计算命令，并将所述密钥计算命令发送给加密设备；加密设备接收所述密钥计算命令，进行密钥计算，并将密钥返回服务器；服务器接收所述密钥，并将所述密钥发送给终端；终端接收所述密钥，并通过写卡设备将密钥写入待加密的卡片，完成卡片加密，以解决现有技术中存在的卡片加密授权数据管理难度大的问题。