本发明涉及一种锰基氧化物微型超级电容器的制备方法，包括步骤：旋涂：在洁净的基底表面旋涂光刻胶；光刻：在旋涂处理后的基底表面进行曝光、显影；蒸镀：在光刻处理后的基底表面进行蒸镀，先蒸镀一层铬金属薄膜，再蒸镀一层金金属薄膜；溅射：在蒸镀处理后的基底表面，采用磁控溅射镀膜系统对叉指图案区域进行溅射，靶材为锰基氧化物；剥离：溅射后的器件放入有机溶剂中浸泡，除去叉指结构图案以外的薄膜。本发明的有益效果是：利用磁控溅射工艺制备结构致密且附着力强的薄膜电极，液相剥离工艺简单且获得的叉指结构电极形状保持完整，有利于缩小相邻叉指电极的间隙宽度，增加叉指电极数量，增加电极的有效面积，从而提高微型器件容量。