本发明提供一种基于虚拟分割方法的生物靶标数字化定量检测方法，所述方法包括用磁珠对待测生物靶标进行处理、富集和捕获，连接在所述磁珠上的待测生物靶标与中介配体结合，将连接所述中介配体的磁珠随机平铺并固定到平面基板上；在所述平面基板上进行所述液相‑固相原位发光反应；并且所述平面基板表面事先修饰与所述液相‑固相原位发光反应生成的发光分子结合的功能基团；和获得反应后所述平面基板的数字图片，然后采用虚拟分割方法，实现待测生物靶标的数字化定量检测。本发明整个方法所要求的检测系统大大简化，检测耗材和检测系统成本大大降低，大大拓宽了数字定量技术应用。基于本发明方法，可以实现可靠、灵敏、快速，并且价格低廉的数字化检测。