本发明提供基于虚拟分割方法的生物靶标数字化定量芯片检测方法，所述方法包括用磁珠对待测生物靶标进行处理、富集和捕获，所述待测生物靶标的液体和中介配体反应液分别在压力驱动下进入微流控芯片内，将连接所述中介配体的磁珠随机平铺并固定到所述微流控芯片反应区平面上，在所述微流控芯片反应区平面上进行所述液相‑固相原位发光反应，获得反应后所述微流控芯片反应区平面上的数字图片，然后采用虚拟分割方法，实现所述待测生物靶标的数字化定量检测。本发明整个方法所要求的检测系统大大简化，检测耗材和检测系统成本大大降低，大大拓宽了数字定量技术应用。