本发明属于储能技术与电力系统辅助服务领域，公开一种跟踪火电机组AGC调节偏差的储能控制方法及系统，所述方法包括：S1、任务需求模块采集电网调度下发给火电机组的AGC指令值、火电机组的实时输出功率，确定火电机组AGC调节偏差；S2、储能跟踪判断模块根据火电机组AGC调节偏差判断是否启动调整模块；S3、调整模块结确定电池储能系统功率实际可输出量；S4、反馈控制模块基于火电机组的实时输出功率与电池储能系统功率实际可输出量，确定储能系统的最终实际出力。本发明解决了现有技术中无法有效判定与控制用于火电机组AGC调节偏差平抑的储能装置动作深度的技术问题，达到有效利用灵活调节源提升电网调频能力的技术效果。