本发明涉及一种利用煤基费托合成废渣处理废水的方法，包括以下步骤：S100：将煤基费托合成废渣加入碱性溶液中脱除石蜡和有机成分，得到石蜡、有机成分和无机废渣；S200：将无机废渣进行磁选，分离得到磁性氧化铁和白土混合物；S300：将白土混合物(白土和硅藻土)进行酸活化、干燥后，得到活性白土；S400：中药蒸煮废水进行过滤后，使用所述活性白土进行絮凝和初步脱色；S500：步骤S400所得污水进行芬顿高级氧化，使用步骤S200所得的磁性氧化铁作为催化剂；S600：步骤S500所得污水依次进行厌氧生化处理和A/O生化处理，处理得到达标水体。使用步骤S100得到有机成分作为碳源。