本发明公开了一种用于检测抗镰刀菌苗枯病QTL Qfsb.hbaas‑6BL的分子标记及其应用。本发明提供了检测小麦染色体6BL的SNP IWA3221位点的基因型的物质在鉴定或辅助鉴定小麦镰刀菌苗枯病抗性中的应用；还提供了检测小麦染色体6BL的SNP IWA3221位点的基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定小麦镰刀菌苗枯病抗性产品中的应用。本发明通过全基因组关联分析(GWAS)发现了位于小麦1D染色体长臂上抗镰刀菌苗枯病位点Qfsb.hbaas‑6BL，进一步将其关联SNP IWA3221转化为普通PCR标记KASP‑Fsb6BL，两者对240份材料分型一致率为97.5％。该标记可用于检测抗镰刀菌苗枯病QTL Qfsb.hbaas‑6BL的基因型，并用于抗镰刀菌苗枯病分子育种。