本发明涉及一种考虑多因素的智能电能表计量精度优化方法及系统，包括：开展元器件参数的不确定性量化，量化确定元器件参数的总体分布；根据环境变量和元器件参数，构建多元参数联合概率分布函数；以多元参数联合分布函数为输入变量，以智能电能表的计量精度为输出变量，建立多元变量高斯过程回归模型；构建与多元变量高斯过程回归模型对应的代理模型，并根据所述代理模型进行影响计量精度的相关因素敏感性分析，量化环境变量和元器件参数对计量精度不确定性的贡献；根据不确定性的贡献，在多元参数取值域内寻找最优补偿参数组合，并利用最优补偿参数组合对所述多元变量高斯过程回归模型进行参数补偿和修正，以对智能电能表的计量精度进行优化。