本发明公开了降低棉花棉酚含量的sgRNA及其表达载体和应用。本发明设计了特异靶向GhCAD1‑A或GhCAD1‑C以及同时靶向GhCAD1‑A和GhCAD1‑C的多个sgRNA最终筛选获得了编辑效率较高的sgRNA，其中，特异靶向GhCAD1‑A的sgRNA4辑植株种子棉酚含量显著降低，而叶片棉酚含量无明显变化；特异靶向GhCAD1‑C的sgRNA8编辑植株种子和叶片含量均显著降低；同时靶向GhCAD1‑A和GhCAD1‑C的sgRNA6编辑植株种子和叶片棉酚含量更显著降低，且这些突变可稳定遗传至下一代。本发明所提供的sgRNA在培育低酚棉新品种、提高棉籽中营养物质利用率等方面具有应用前景。