本发明公开了一种百日咳鲍特杆菌基因组特异性多拷贝序列及其对应的引物和探针与应用，属于微生物检测技术领域。百日咳鲍特杆菌基因组特异性多拷贝序列为SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3或SEQ ID NO.4，其对应的引物和探针分别为SEQ ID NO.5‑7、SEQ ID NO.8‑10、SEQ ID NO.11‑13和SEQ ID NO.14‑16所示。本发明提供了百日咳鲍特杆菌基因组中重复出现，且不在其他微生物中存在的特异性多拷贝基因片段，以此基因片段设计的百日咳鲍特杆菌基因检测方法，实现了高敏感性和高特异性，解决了目前引物设计中敏感性和特异性不能均优的难点问题。