本发明公开了一种临海抛石区嵌岩咬合桩分层施工成孔的施工方法，涉及咬合桩施工技术领域；本发明通过套筒配合全回转钻机带动套筒旋转跟进，砂层、全风化及强风化等较软土层采用旋挖钻截齿钻头取土，抛石层采用重锤、冲抓斗和牙轮筒钻进行配合穿孔取岩，中风化及微风化层等较硬土层采用旋挖钻配牙轮筒钻进行成孔施工，施工过程全套筒跟进至岩层，桩孔终孔后，采用导管进行水下混凝土灌注法施工；本项施工方法解决了潮汐水位对桩孔的影响，同时解决了成孔穿越抛石层的技术难点，可适用于复杂地层的咬合桩施工，有效防止桩孔内流沙或淤泥，施工安全快捷，保证咬合桩施工质量的同时还可以节省施工工期。