本发明公开了一种谐振接地配电网高阻接地故障选线方法、系统及存储介质，其中方法包括：获取配电网母线零序电压，进行初步判断；然后获取母线上的一条馈线的零序电流序列；获取零序电流序列首次过零点后波形的第一个局部极值点，以及零序电流波形再次过零点后波形的第二个局部极值点；以两个局部极值点的中心点为时间窗中心，求取不同时间窗宽度下的零序电流线性度序列；求取零序电流线性度序列的变化率序列；若变化率序列中为正和为负的个数均不小于预设个数，则判断该馈线发生了高阻接地故障；否则该馈线没有发生高阻接地故障。可及时准确选出高阻故障线路，有利于排除故障，避免配电线路在高阻故障下长时间运行，保障配电网安全可靠运行。