本发明公开了一种卫星信号载波同步方法及系统,所述方法包括如下步骤:对接收到的载波信号进行混频滤波，得到采样信号；基于采样信号计算得到其同相分量和正交分量；基于所述两个分量捕获载波频偏并补偿，实现载波第一次同步；利用双层锁相环对载波信号混频滤波，第一次提取载波频率和相位信息，通过上述信息对载波频偏和相位偏差进行第一次补偿，得到第一次补偿后的载波信号；利用双层锁相环对载波信号混频滤波，第二次提取载波频率和相位信息，通过上述信息对载波频偏和相位偏差进行第二次补偿，得到第二次补偿后的载波信号，完成对载波信号的相位跟踪，实现载波第二次同步。