本发明提供一种脑影像处理方法、装置、设备及存储介质，所述方法包括：获取重复采集的目标对象的多个脑影像；将所述多个脑影像配准到同一空间，然后进行脑区分割处理，得到多个脑区以及各个脑区对应的多个脑区影像；分别针对每个脑区，对所述脑区对应的多个脑区影像进行图像平均处理，得到对应的目标脑区影像；根据各个脑区对应的目标脑区影像生成所述目标对象的目标脑影像。本发明的脑影像处理方法，通过预先对重复采集的多个脑影像进行脑区分割，再分别对每个脑区对应的多个脑区影像进行平均处理，最后将得到的各个脑区的目标脑区影像组合成最终的脑影像，能够提高脑影像的信噪比，还能够有效的剔除伪影等异常数据，进一步提升脑影像的质量。